El 1 de junio de 1897, por medio de un decreto de la Asamblea
Nacional, se fundó el Instituto Nacional Mejía, primera institución laica de la capital y segunda del Ecuador. El colegio fue fundado originalmente como un normal, pues era interés del gobierno liberal
formar maestros laicos que sustituyeran a los religiosos católicos, que
habían monopolizado la educación secundaria durante el siglo XIX.
En aquella época, la educación religiosa marcaba el ritmo académico del país y ante la revolución liberal comandada por Eloy Alfaro desde 1895, que convirtió al Ecuador en un estado laico, la institución abría paso a independizar la educación de la religión.
Debía comprender los ciclos de primaria, secundaria y normal para la
preparación del nuevo magisterio, esté último no se implementó sino que
se creó otros institutos normales para el efecto y del ciclo primario
tampoco se tiene constancia de que se haya implementado.3
De esta forma, el llamado Colegio Mejía fue siempre un centro de
educación media, en sus inicios oficialmente mixto, pero luego se volvió
exclusivamente masculino, característica que se mantuvo hasta el año
2011. El colegio fue bautizado en honor a José Mejía Lequerica. En sus inicios, el colegio funcionó en el antiguo edificio escolar de los Hermanos Cristianos, conocido como El Beaterio, en la calle Benalcázar, frente a la actual Plaza de Benalcázar.
En los años 50 del siglo XX, se construyó un edificio moderno
completando el conjunto, conocido como "El Internado", por haber sido
levantado con la intención de que el colegio albergara internos. No
obstante, esto tampoco prosperó y los proyectados dormitorios fueron
convertidos en aulas y laboratorios.
El Colegio cuenta también con un edificio anexo, conocido como
"Edificio Sur", en donde originalmente funcionó una escuela militar de
ingeniería y que también tiene aulas y áreas verdes.
A partir del año 2011 - 2012, en la presidencia del economista Rafael Correa,
se pone en manifiesto la nueva ley de educación en la cual la
institución vuelve a dar cabida al estudio a la mujer ecuatoriana.
En el área educativa, el Colegio cuenta con un museo de ciencias naturales y otro etnográfico.
En el primero se tiene una colección de 2. 846 animales de los cuales
se distribuyen en 172 reptiles, 14 anfibios, 122 peces, 2.246 aves y 293
mamíferos[cita requerida].
En el segundo, las muestras recogen a las culturas de las tres regiones
del país. Su fundación data en septiembre de 1950 con el nombre de
Instituto Ecuatoriano de Antropología y Geografía[cita requerida].
En el año de 1974 El Instituto Ecuatoriano de Antropología y Geografía,
dona al Instituto Nacional Mejía 22 esculturas que representan a
diversos grupos étnicos del país. Actualmente el Museo cuenta con 57
esculturas, talladas en madera, en tamaño natural, llamando mucho la
atención la variedad de esculturas que ilustran las distintas etnias.4
En la biblioteca del colegio se halla, entre sus textos, el manuscrito original del quiteño Eugenio Espejo que trata sobre las viruelas. Además, también guarda algunos libros que datan desde la época colonial hasta la era republicana. Muchos de los libros de la biblioteca del Mejía provienen de los incautados a los jesuitas en su expulsión de las colonias españolas, y de varias bibliotecas estatales.
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